Because of my research,
I surveyed some cloud storage service.
Including the space and api, pros and cons (my opinions).
*******
最近研究生物資訊工具,嘗試讓一些工作流程跟資料輸出到雲端。
對多數人而言,自建雲端儲存的挑戰太大。
基於穩定或是意用的考量,還是現有的服務比較實在。
最主要的原因,就是「要倒也很難」、「不用買設備」。
我其實沒有很了不起的研究,只是在工作流程的串接。
讓幾套生物資訊工具輸出的結果互相被利用,最終結果儲存到雲端。
我評估的重點不外乎大家最在乎的空間大小。
另一個重點就是底層的開發工具或是API,特別是命令列的部份。
生物資訊工具都在Linux下操作為主,而且沒有圖形介面居多。
假如要用Shell Script包流程,CLI真的很重要。
(CLI,Command Line Interface)
以下就選定幾個雲端服務,提出我粗淺的看法。
當然啦!出發點就是「生物資訊應用合適與否」。
是我主觀的需求認定,我的聲音大家就多包含了。
Dropbox
Dropbox用的人最多,應該說是世界級的服務。
但是容量算是最少的,少少的2GB。
想要付費擴充,無奈方案的選擇性太少。
只有50跟100兩種容量的選擇,不然買企業的團隊帳號。
50跟100美元,也超過很多人的心理門檻。
Dropbox提供的用戶端工具也最多,包含我最需要的CLI介面程式。
這個之後再來介紹,告訴大家怎麼裝、怎麼用。
目前我也用Dropbox CLI配合Shell Script完成流程架接。
另一個優勢:版本控制,Dropbox可以記錄上傳的檔案版本。
其實原理就是在一開始上傳時就比對,然後記錄差異。
很可惜的是,多數人都不知道,也不會去用這個功能。
Min.us
最近忽然很紅的雲端儲存服務,至少在我朋友之間是這樣。
一註冊帳號就給10GB,推薦一個人:雙方各得到多1GB。
當然也不是無限上綱,最多得到50GB的免費空間。
單一上傳檔案可以到2GB。
官方提供的用戶端程式真的很多,各種平台都支援了。
滑鼠拖拉為主的操作,用起來夠人性。
但是很可惜缺了CLI介面的版本。
(給Ubuntu用的,應該只能用在Desktop的模式)
Min.us最大的特色,以Karma的模式衡量用戶與檔案有多熱門。
分享的功能多也夠簡單,推薦大家可以用用看。
看到不少人拿來當圖床。
Amazon Cloud Drive
我自己很喜歡用Amazon的雲端服務啦!因為穩。
最重要的,速度也還不錯。
以免費服務來說,給5GB不算小。
(嗯!我是跟Dropbox比)
但是可惜的是目前只支援瀏覽器運作。
官方沒有另外提供用戶端程式,跟作業系統不能無縫運作。
跟Dropbox或者Min.us比,整個差很多。
CLI呢?更不用講了。
除非我花錢買Amazon Elastic Cloud的服務。
就能配合眾多的API上傳檔案。
(甚至根本不用,把服務啟動成變成標準的SFTP就好)
不過這樣就失去意義了!用AWS不是人人會的。
Cloud Drive附帶的Cloud Player只限美國用,這個可惜!
iCloud
蘋果公司推出的服務,主要是讓iPhoto、Pages等等程式用。
讓編輯的檔案或是系統狀態可以無縫同步。
跟Mac OS X還有iOS綁的很緊,免費空間5GB。
但是不少朋友反應被iOS那些內容的備份吃光光了。
至於CLI?蘋果公司不會搞這個吧!
就看有沒有高手寫出來了。
Google Cloud Storage
Google的雲端儲存服務,跟他們的其他服務綁一起。
也就是所有服務共用一個帳號的空間。
要上傳奇奇怪怪的檔案,用Google Docs的上傳功能上傳吧!
如果你沒有付費升級空間,單一檔案最大1GB。
有花錢?哪怕買最少的20GB,單一檔案可支援到10GB。
這對多數人來說應該非常夠用了。
也有不少人寫了CLI的介面,自己可到Google Codes上面找。
我能想到、也想要用的就是這幾個。
雲端服務太多,註冊一堆帳號好像也沒意義。
不知道使用者有沒有想過:如果雲端儲存業者也會倒?
生物資訊的檔案都非常大,過濾之下很多服務不符合我的需求。
(單一檔案大小限制,就先幫我篩掉了)
例外就是安全、隱私的權限考量。
為了有效使用空間,目前我都只上傳結果的檔案。
而不上傳工作流程中原始的序列檔案。
上面幾個服務,只拿來上傳結果CSV、VCF或是BAM檔都還可以。
*******
我主觀且粗淺的看法就寫到這。歡迎你推薦給我服務業者。
只要單一檔案大,而且可以支援CLI就好。
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2011年10月30日 星期日
2011年10月19日 星期三
義大利威尼斯馬可波羅機場
Venice Marco Polo Airport
Aeroporto di Venezia-Tessera
Aeroporto di Venezia Marco Polo
*******
威尼斯的機場是以旅行家馬可波羅為名。
在國際的IATA代號是VCE。
威尼斯當地很多公車路線都有到機場。
甚至也有船直達,但是比較貴。
威尼斯機場的外面,很符合水都的特質。
機場外面緊鄰停車場還有公車站牌。
關於交通方式的細節,文末有威尼斯交通概述。
裡面有更仔細的說明,例如買票、搭船...
我從住的地方搭5號公車,直達機場。
公車會在出境大廳前面放你下車。
整體來說,我覺得威尼斯機場蠻乾淨的。
至少比羅馬跟米蘭的都好。
還沒開始劃位,來看看機場內的一些設施。
像是行李寄存的地方。
出境大廳只有一家書報攤等級的小賣店。
二樓有一家自助的餐廳。
威尼斯機場很忙碌,安檢的人潮驚人。
再近一點看,真的非常多。
Check in之後就熱鬧了,裡面免稅商店很多。
大概這是個富裕的城市,預期大家的消費力都很高。
要吃東西,裡面的餐廳也很多。
雖然不便宜,歐洲的物價不意外。
有設置吸菸室
站在高處拍照,這個視野不錯。
機場大,旅客真的很多。
那天EasyJet發生大誤點,長達三個小時。
結果大家去櫃檯吵,後來凹到食物加水一份。
櫃檯給大家換食物的Coupon。有限定業者。
這是義大利式的三明治嘛?那罐水是氣泡的。
台灣有看過,賣很貴。
近拍三明治
*******
等了三個小時多,總算是出發往羅馬。
但是可惜,還差一小時。
不便險要誤點四個小時才賠償。
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在國際的IATA代號是VCE。
威尼斯當地很多公車路線都有到機場。
甚至也有船直達,但是比較貴。
威尼斯機場的外面,很符合水都的特質。
機場外面緊鄰停車場還有公車站牌。
關於交通方式的細節,文末有威尼斯交通概述。
裡面有更仔細的說明,例如買票、搭船...
我從住的地方搭5號公車,直達機場。
公車會在出境大廳前面放你下車。
整體來說,我覺得威尼斯機場蠻乾淨的。
至少比羅馬跟米蘭的都好。
還沒開始劃位,來看看機場內的一些設施。
像是行李寄存的地方。
出境大廳只有一家書報攤等級的小賣店。
二樓有一家自助的餐廳。
威尼斯機場很忙碌,安檢的人潮驚人。
再近一點看,真的非常多。
Check in之後就熱鬧了,裡面免稅商店很多。
大概這是個富裕的城市,預期大家的消費力都很高。
要吃東西,裡面的餐廳也很多。
雖然不便宜,歐洲的物價不意外。
有設置吸菸室
站在高處拍照,這個視野不錯。
機場大,旅客真的很多。
那天EasyJet發生大誤點,長達三個小時。
結果大家去櫃檯吵,後來凹到食物加水一份。
櫃檯給大家換食物的Coupon。有限定業者。
這是義大利式的三明治嘛?那罐水是氣泡的。
台灣有看過,賣很貴。
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等了三個小時多,總算是出發往羅馬。
但是可惜,還差一小時。
不便險要誤點四個小時才賠償。
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Introducing the traffic solution of Venice.
Like how to buy the ticket.
*******
大家都知道威尼斯是水都,但是水都到什麼程度?
我到了這裡才親身感受到「船比車好用」的情況。
威尼斯主要的交通工具就是船,在聖馬可廣場觀光的人通常這樣。
所以他們的公車真的都以船為主。
船又分成兩種:公家跟私家的。
公家的真的就跟公車站一樣,水上有固定的停靠區。
對了,強烈提醒您。
工作人員在靠岸繫纜繩的時候站遠一點。
那種繩子要是斷掉,打到人可是不得了。
上船之前就是把票在感應器前面碰一下。
水上巴士裡面的配置,真的很像巴士。
而且熱門景點的航路,絕對沒有照片中這麼空。
如果在公車跟司機買票比較貴,而且是要打票的那種。
在威尼斯,公共交通主要都是Actv經營的。
至於私人的船,就是電影很常看到那種。
有船夫負責,或許私人或許「靠行」。
原來船夫都要穿那種橫條紋的水手服。
(很像英明國中穿的那種)
這種船通常是跟船夫講價,費用不太便宜。
會跟時間還有坐多少人有關係。
上船前跟他們先講好,雖然我個人不是很鼓勵這種船。
因為有可能遇到不良船夫,被敲一筆。
在國外,船夫、人力車、騎馬這三種風險都很大。
這種船的好處是利用細長的優勢,帶你深入威尼斯各處。
如果你要在嘆息橋下面接吻,跟情人得到永恆。
那就只能花點錢,請船夫撐船了。
花錢得到永恆,有比這更便宜的事嘛?
(這個傳說出自於「情定日落橋」這部電影)
威尼斯人好像家家都有船,就停在房子外面。
都有配置木樁方便停靠。
嗯,來教大家買票。通常這邊建議買多日票。
就是跟香煙攤的老闆買。有12、24、48、72小時之分。
像我買了28歐元的48小時票。可以搭公車、水上巴士。
最多有賣到七日票。從第一次使用時間開始算。
這種票是可以重複用的,而且計費方式很細。
例如水上加一趟單程巴士,或是單程到機場的巴士。
按規定是只能帶一件行李,不過實際上好像沒人稽查。
我示範一下用機器加值:買一張到機場的巴士票。
來到機器前面,隨便摸一下叫醒機器。
選擇語言,通常是英語。看你習慣哪一種。
選擇要的服務,加值或是買票。
還分成水上或是公路,還有組合票。
我要買AeroBus點了之後就是這樣。
右下角那個最單純的Airport Bus Ticket。
根據畫面指示付款。
之後要我投幣或是刷卡。
不見得每台機器都收紙鈔,這點請留意。
單程機場巴士是5歐元,選擇數目後付款。
要報帳就記得要收據。他這個收據是交易失敗也會有。
所以注意,要看清楚有沒有成功。
不然沒加值成功就上車,被抓包就慘了。
(買票成功的話會有票一起出來)
*******
在威尼斯主要航道的某一建築外,看到了這模型。
一支超級大的螃蟹,真是驚人!
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所以他們的公車真的都以船為主。
船又分成兩種:公家跟私家的。
公家的真的就跟公車站一樣,水上有固定的停靠區。
對了,強烈提醒您。
工作人員在靠岸繫纜繩的時候站遠一點。
那種繩子要是斷掉,打到人可是不得了。
上船之前就是把票在感應器前面碰一下。
水上巴士裡面的配置,真的很像巴士。
而且熱門景點的航路,絕對沒有照片中這麼空。
如果在公車跟司機買票比較貴,而且是要打票的那種。
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有船夫負責,或許私人或許「靠行」。
原來船夫都要穿那種橫條紋的水手服。
這種船通常是跟船夫講價,費用不太便宜。
會跟時間還有坐多少人有關係。
上船前跟他們先講好,雖然我個人不是很鼓勵這種船。
因為有可能遇到不良船夫,被敲一筆。
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這種船的好處是利用細長的優勢,帶你深入威尼斯各處。
如果你要在嘆息橋下面接吻,跟情人得到永恆。
那就只能花點錢,請船夫撐船了。
花錢得到永恆,有比這更便宜的事嘛?
(這個傳說出自於「情定日落橋」這部電影)
威尼斯人好像家家都有船,就停在房子外面。
都有配置木樁方便停靠。
嗯,來教大家買票。通常這邊建議買多日票。
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像我買了28歐元的48小時票。可以搭公車、水上巴士。
最多有賣到七日票。從第一次使用時間開始算。
這種票是可以重複用的,而且計費方式很細。
例如水上加一趟單程巴士,或是單程到機場的巴士。
按規定是只能帶一件行李,不過實際上好像沒人稽查。
我示範一下用機器加值:買一張到機場的巴士票。
來到機器前面,隨便摸一下叫醒機器。
選擇語言,通常是英語。看你習慣哪一種。
選擇要的服務,加值或是買票。
還分成水上或是公路,還有組合票。
我要買AeroBus點了之後就是這樣。
右下角那個最單純的Airport Bus Ticket。
根據畫面指示付款。
之後要我投幣或是刷卡。
不見得每台機器都收紙鈔,這點請留意。
單程機場巴士是5歐元,選擇數目後付款。
要報帳就記得要收據。他這個收據是交易失敗也會有。
所以注意,要看清楚有沒有成功。
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2011年10月18日 星期二
瑞士日內瓦機場
In Switzerland, budget flight only land in Geneva Airport.
Also known as Cointrin Airport.
Let me introducing the traffic in Geneva.
*******
在到瑞士之前,就聽過兩個關於機場的說法。
1.廉價航空只有在日內瓦降落,蘇黎士沒有。
2.日內瓦機場很小。
前面的問題影響有限,因為我就是要到日內瓦。
好在廉價航空停日內瓦,因為到瑞士最大的目的就是去CERN拜訪。
第二個問題可以靠自己感受,嗯!真的很小。
我是從馬德里搭飛機到日內瓦。
正是廉價航空EasyJet,原來他們的飛機會在各國註冊。
不單只有母國英國而已。畢竟他們的航線太多。
一下飛機是靠接駁車接駁到航站大廳。
瑞士最有名的地勤代理公司Swissport,這裡可是他們主場。
來這跟離開,都可以看到照片中那樣的地勤小姐。
制服跟皮包都是一模一樣,顯然都有SOP。
機場內的時鐘,不免俗的也要勞力士。
這是行李領取區的牌子。
瑞士雖然有錢,但是在機場感受不到他們的富裕。
來找一下到市區的交通比較實在。
很奇怪,怎麼會用這麼不醒目的白底黑字指示牌。
不過字體很特別!
看到有公車還有火車。直覺火車一定比較貴。
我決定搭公車到日內瓦車站就好。
瑞士國鐵的昂貴,大家都知道。
順著指示,走出了機場大門,也看到公車在那。
但是要先買票,身上只有瑞士法郎的現鈔。
離機場內的店家又很遠,懶得換錢,就掏出信用卡買。
(歐洲車上跟司機買票,照慣例一定比較貴。)
機器預設都是法語(日內瓦是法語區),不過可以切換成英文。
單程票,2元瑞士法郎,也可以付1.4歐元。
顯然用瑞士法郎比較好。
這個很簡陋的紙,就是公車票。
放幾張瑞士公車內的景象,其實就是低底盤公車。
大概半個鐘頭,日內瓦車站就到了。
離開瑞士時,我想到的是「上次搭公車,這次搭火車」
對了,要說明一件事。
觀光客到了日內瓦,登記住宿時會得到一張交通卡。
這張交通卡可以讓你省非常多錢。
背後會註明你住宿的期間,期間內有效。
連我住便宜的青年旅館都有。
到機場的那天,我就到日內瓦車站搭車。
車站月台的樣子。
想要看時間,這不就是「瑞士國鐵錶」嘛?
應該是鐘才對,簡單又看不膩的設計。
瑞士國鐵的車廂,上面寫著三種語言的「瑞士國鐵SBB CFF FFS」。
SBB是德語,代表Schweizerische Bundesbahnen
CFF是法語,Chemins de fer fédéraux suisses
FSS義大利語,Ferrovie federali svizzere
到日內瓦機場,有專屬的InterRail (IR)
不用擔心搭錯車。
嗯~還有時間,來吃個東西。
到瑞士沒有吃瑞士卷怎麼可以?這是便宜的超市牌瑞士卷
吃起來如何?真的是甜到爆炸
扯遠了,開車之後沒多久,車掌就來查票了。
拿出那張交通卡順利過關。
比起搭公車,火車很快就到機場。
看到排隊的人潮,還是用自助登機證列印吧!
EasyJet的機器,輸入班機號碼、護照號碼就可以了。
印出了行李條,還有很特別的登機證。
第一次看過這種「卡型」的登機證,真是省紙。
拿行李去快速櫃檯掛就好。
安檢,要排隊。
但是有錢買VIP可以走快速通關。
瑞士辦退稅在通關之後,相關文章看最後的參考連結。
登機門前面
這登機門的外型也夠特別
上飛機了
*******
日內瓦機場的效率蠻好的,例如安檢還有下行李。
也許就是因為有專業的地勤公司Swissport的緣故!
記得之前在菲律賓馬尼拉機場,看到的地勤也是這家。
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2.日內瓦機場很小。
前面的問題影響有限,因為我就是要到日內瓦。
好在廉價航空停日內瓦,因為到瑞士最大的目的就是去CERN拜訪。
第二個問題可以靠自己感受,嗯!真的很小。
我是從馬德里搭飛機到日內瓦。
正是廉價航空EasyJet,原來他們的飛機會在各國註冊。
不單只有母國英國而已。畢竟他們的航線太多。
一下飛機是靠接駁車接駁到航站大廳。
瑞士最有名的地勤代理公司Swissport,這裡可是他們主場。
來這跟離開,都可以看到照片中那樣的地勤小姐。
制服跟皮包都是一模一樣,顯然都有SOP。
機場內的時鐘,不免俗的也要勞力士。
這是行李領取區的牌子。
瑞士雖然有錢,但是在機場感受不到他們的富裕。
來找一下到市區的交通比較實在。
很奇怪,怎麼會用這麼不醒目的白底黑字指示牌。
不過字體很特別!
看到有公車還有火車。直覺火車一定比較貴。
我決定搭公車到日內瓦車站就好。
瑞士國鐵的昂貴,大家都知道。
順著指示,走出了機場大門,也看到公車在那。
但是要先買票,身上只有瑞士法郎的現鈔。
離機場內的店家又很遠,懶得換錢,就掏出信用卡買。
(歐洲車上跟司機買票,照慣例一定比較貴。)
機器預設都是法語(日內瓦是法語區),不過可以切換成英文。
單程票,2元瑞士法郎,也可以付1.4歐元。
顯然用瑞士法郎比較好。
這個很簡陋的紙,就是公車票。
放幾張瑞士公車內的景象,其實就是低底盤公車。
大概半個鐘頭,日內瓦車站就到了。
離開瑞士時,我想到的是「上次搭公車,這次搭火車」
對了,要說明一件事。
觀光客到了日內瓦,登記住宿時會得到一張交通卡。
這張交通卡可以讓你省非常多錢。
背後會註明你住宿的期間,期間內有效。
連我住便宜的青年旅館都有。
到機場的那天,我就到日內瓦車站搭車。
車站月台的樣子。
想要看時間,這不就是「瑞士國鐵錶」嘛?
應該是鐘才對,簡單又看不膩的設計。
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SBB是德語,代表Schweizerische Bundesbahnen
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FSS義大利語,Ferrovie federali svizzere
到日內瓦機場,有專屬的InterRail (IR)
不用擔心搭錯車。
嗯~還有時間,來吃個東西。
到瑞士沒有吃瑞士卷怎麼可以?這是便宜的超市牌瑞士卷
吃起來如何?真的是甜到爆炸
扯遠了,開車之後沒多久,車掌就來查票了。
拿出那張交通卡順利過關。
比起搭公車,火車很快就到機場。
看到排隊的人潮,還是用自助登機證列印吧!
EasyJet的機器,輸入班機號碼、護照號碼就可以了。
印出了行李條,還有很特別的登機證。
第一次看過這種「卡型」的登機證,真是省紙。
拿行李去快速櫃檯掛就好。
安檢,要排隊。
但是有錢買VIP可以走快速通關。
瑞士辦退稅在通關之後,相關文章看最後的參考連結。
登機門前面
這登機門的外型也夠特別
上飛機了
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