Follow the instruction, I think it's no problem.
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Tophat Fusion是進階版本的Tophat
差異是在Fusion point的Align
最近每天一直被我同學吵，抱怨不知道怎麼在Mac OS下執行
我就自己測試了一下，寫出我的執行狀況
硬體、軟體配備：
MacBook Pro Core i5 2.4GHz
8GB RAM
500GB HDD 7200rpm
Mac OS X Snow Leopard 10.6.8
你沒看錯，我真的要在筆電上做這件事。
不過如果可以開始執行，我就會中斷工作了。
我只是要確定Mac OS可以執行無誤。
前置工作：
1. samtools
這是用來處理Sam檔的，sam格式不就是拿來壓縮序列資料？
有把source code在我的機器重新編譯一次。（make的指令）
這樣比較好吧！得到原生的64位元程式。
編譯完成之後，我有複製到/usr/bin 裡面。
這樣以後直接在命令列打samtools就可以執行了。
2. bowtie
Alignment比對的工具，開發者有提供編譯好的版本
我自己好奇，也在OS X下編譯看看。
沒有任何問題，大概不用一分鐘就編譯完了。
原始資料：
1.HG19
這是原始的序列資料，可以在這裡下載
下載完成後解壓縮，把所有的fa檔案cat成一個hg19.fa即可
2.Bowtie Index
針對HG19的Bowtie索引，自己建立太慢了。
直接下載官方網站的就好，大概2.7GB。
主要是用bowtie-build這個東西建立的。
慢的原因：電腦記憶體有限。
自己建索引也許最後會因為記憶體不足而失敗。
3.範例檔案
Tophat-Fusion說明書裡面示範的檔案
是MCF7的RNA序列，這裡可以下載
Tophat-Fusion：
下載Binary檔案之後直接執行，應該沒問題。
我所謂的沒問題，是指帶出指令的提示畫面。
如果你要直接跑測試範例，要準備的東西其實不少。
他們網頁上也有跟你講了，慢慢抓那好幾GB的檔案。
有哪些檔案要準備？上面的部份自己看一下。
現在要講的是怎麼放這些檔案。
首先把編譯好的blowtie執行檔案，都放到tophat-fusion根目錄。
有三的執行檔，最重要的是bowtie。
其實只要這就夠了，只是我比較懶，全部放。
如果有其他兩個，之後要是你沒放hg19.fa。
他會幫你透過索引檔案還原回去。
然後，建一個資料夾同樣在這個根目錄下。
主要是放關於hg19的索引還有序列原始檔。
資料夾裡面大概就是這樣的情形。
好了之後，就可以開始跑測試的指令了。
Tophat-Fusion的說明檔案有講到。指令是：
tophat-fusion -o tophat_MCF7 -p 8 --allow-indels --no-coverage-search -r 0 --mate-std-dev 80 --fusion-min-dist 100000 --fusion-anchor-length 13 /path/to/h_sapiens/bowtie_index SRR064286_1.fastq SRR064286_2.fastq
你直接貼上是不能跑的！有些地方自己要會變通。
看到了吧！主要是bowtie的索引位置。
那兩個SRR的範例檔案，範例是直接放在tophat-fusion的根目錄。
其他關於處理器核心數(-p)等等的參數這裡不討論。
給大家看看我執行時的終端機畫面。
大致上就是先檢查資料夾結構。
檢查索引、參考序列、Bowtie、Samtools有沒有安裝好
然後開始簡單的QC，看看序列的長短、格式
完成之後就開始「耗資源」的計算工作。
包含Mapping那些事情，有沒有在跑，其實看活動管理員就知道。
就是top的指令，Mac OS下我喜歡用Activity Monitor。
看到吃記憶體的狀況，我相信它有在跑無誤。
整台MBP好像快要爆炸了，基本上就是這樣。
希望用Mac OS的人可以試看看。
Linux版？除非我有用到我才會在這做筆記分享。
當我寫完這篇時，Tophat-Fusion還在Beta階段。
以後預估還有不小的變動。
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參考資料：
Bowtie網頁
Tophat網頁
Tophat-Fusion網頁
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